FFT나 Wavelet같은 기법을 동원하여 분석을 수행하는데 있어서, NaN 값이 중간에 끼어있는 데이터는 아예 처리가 안되는 것으로 알고 있습니다. IDL에서도 관련 함수들을 보면 /NAN과 같은 키워드는 아예 지원이 안되거든요. 어떻든 그 부분에 유효한 값을 채워넣고 작업을 해야 합니다. NaN 값이 발생한 부분은 그 데이터의 전반적 특성에 맞는 내삽 기법을 동원하여 적절한 값으로 대체한 후에 작업을 진행하는 것이 맞을 것 같습니다.